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MiRoya
Comprendre les mécanismes biophysiques des épidémies
de la rouille du caféier et tester différents moyens de
lutte
Le modèle MiRoya a été développé dans le cadre du projet PROCAGICA,
le Programme centraméricain pour la gestion intégrée de la
rouille du caféier. PROCAGICA a été financé par l'Union
européenne. L'un des volets du programme Procagica
consiste à mettre en place et à renforcer un réseau
régional d'alerte précoce (RRAT) pour la gestion des
risques liés au café à l'échelle de l'Amérique centrale
(un réseau d'institutions SAT-café en Amérique centrale).
Les pays participant à ce réseau sont : le Nicaragua, le
Salvador, le Honduras, le Guatemala, la République
dominicaine, le Panama et le Costa Rica.
Auteurs :
Jacques Avelino, CIRAD - CATIE
Edwin Treminio, CATIE
Pierre Bommel, CIRAD - CATIE
Grégoire Leclerc, CIRAD - CATIE
Natacha Motisi, CIRAD - CATIE
Isabelle Merle, CIRAD - CATIE
Rémi Vezy, CIRAD
Quelques photos d'ateliers utilisant le
simulateur interactif MiRoya :
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Objectif de MiRoya
Le premier objectif du modèle MiRoya est d'intégrer et de
valider des données scientifiques et des avis d'experts
dans un modèle de simulation, afin de :
- Comprendre les mécanismes biophysiques de la rouille
orangée du caféier
- Hiérarchiser les paramètres qui influencent les
épidémies de rouille
- Partager les connaissances,
- Tester des hypothèses,
- Tester différents moyens de lutte contre la rouille
et
- Consolider un Réseau régional de gestion des risques
liés au café (RR-GRC)
L'objectif de MiRoya est de disposer d'un simulateur
interactif afin de susciter des débats sur les aspects
socio-économiques de la production de café dans un
contexte de crise liée à la rouille. Ce jeu doit
faciliter la coordination des alertes et des mesures au
niveau institutionnel.
Description de MiRoya
Une description du modèle MiRoya est disponible
en espagnol.
Le diagramme de classes UML suivant représente la
structure du modèle. A noter que le champignon (la
rouille) n'est pas représenté en tant qu'entité, mais
seulement sous la forme de quantités en différents états
portées par chaque feuille :
Le schéma ci-dessous présente le cycle de vie de la
rouille, sous la forme d'un diagramme d'états-transitions
UML amélioré :
Ce cycle de vie doit être couplé à celui du caféier, ce
qui conduit à des dynamiques complexes :
Schéma de deux processus couplés : dynamique de
croissance du caféier, et dynamique de propagation de la
rouille orangée.
Voir la description complète sur le site de Pergamino.
Installation
La version actuelle du modèle se compose de deux modules
indépendants : un sous-modèle sur la dynamique de la
rouille (MiRoya) et un sous-modèle sur la
croissance du caféier (DynaCof).
DynaCof
est un modèle implémenté dans le langage R par Rémi Vezy.
Pour utiliser DynaCof, R doit donc être installé sur votre
ordinateur.
Dynacof gère la croissance des feuilles et MiRoya gère le
cycle de vie de la rouille et ses effets sur la chute des
feuilles.
Le pas temporel de Dynacof - MiRoya est le jour. Mais
comme les échanges entre les deux modèles sont lents, les
interactions ont lieu chaque semaine. Comme le décrit la
figure suivante, un cycle complet d'une semaine comprend 6
étapes :
- R exécute 7 jours de DynACof qui calcule (entre
autres) la croissance foliaire,
- R appelle Cormas avec une nouvelle valeur de LAI
(indice de surface foliaire)
- MiRoya adapte le nombre de feuilles en fonction du
LAI
- Cormas exécute 7 jours de MiRoya : cycle de vie des
champignons,
- MiRoya détermine les pertes de feuilles dues à la
rouille
- Cormas renvoie une valeur de LAI à DynACof. La masse
de carbone (CM_leaf = masse de carbone foliaire, en
g/m²/j) est modifiée en calculant la différence de LAI
entre le temps t et le temps t - 7 :
CM_leaf(t) ← CM_leaf(t) . [LAI(t) - LAI(t-7) / LAI(t-7)]
Comment installer MiRoya (en
espagnol).
Guide d'utilisation de MiRoya
Guide
également disponible en espagnol.
Vous pouvez télécharger le modèle
sur GitHub
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